De aquel convento que el año de 1246 fundara el obispó Tello Téllez por la bula que fue otorgada por el Papa Inocencio IV. Ese convento fue de los primeros y de mayor tamaño de la península Ibérica. En el se alojaron reyes, juntas nobiliarias, reuniones y conspiraciones en los reinados de Fernando IV y Alfonso XI. También se celebraron cortes, asambleas locales, sesiones municipales y alguno de los capítulos importantes de la orden.
A la entrada del templo se encuentra la conocida plaza de San Francisco que bien podía ser parte de un claustro importante del convento. Frente a la fachada del templo se encuentra uno de los laterales del actual edificio del ayuntamiento, este se sitúa como la Plaza Mayor o la Plaza de la Sal que formaban parte del antiguo convento ya que tubo unas considerables dimensiones.
El principio del fin del convento fue el decreto que el hermano de Napoleón reinando en España como José I el 18 de agosto de 1809 decreta la supresión de las ordenes religiosas siendo evacuado el 15 de septiembre de ese año. Los religiosos vuelven el año de 1814 con menor importancia y el año 1836 la desamortización les hace abandonar definitivamente, dejando solo el culto en su iglesia dependiendo de la diócesis.
La iglesia desde el año 1871 en que el obispo D. Juan Lozano cede en usufructo a los Padres Jesuitas el templo y convento los cuales lo han hecho hasta el año 2018, desde ese año lo vuelve a gestionar la diócesis y lo abre al turismo desde el verano de 2019.