La catedral vallisoletana es de un puro estilo Herreriano que bien se ve en la decoración y arquitectura.
Tiene tres naves de cuatro tramos y en el lugar donde debería estar el crucero esta rematada con ábsides. Los pilares con pilastras adosadas de orden corintio unidos por arcos de medio punto y sus naves cubiertas por bóvedas de crucería.
El crucero que diseño Herrera del mismo ancho de las naves y con puertas a ambos lados tan solo se construyo la del lado este. En el crucero también están la capilla mayor y dos laterales.
El retablo de la capilla mayor no es el original suyo ya que procede de la cercana iglesia de Nuestra Señora la Antigua y es obra de Juan de Juni. La sillería y el atril del siglo XVII obra de Cristóbal Ruiz de Andino. El altar presenta un repujado en plata barroco del siglo XVIII.
Las naves laterales están ocupadas por capillas y una de ellas esta dedicada a la Virgen del Rosario.
En el ábside oeste, conocido también como vestíbulo del museo se encuentra el sepulcro del repoblador don Pedro Ansurez con una pintura dedicada a San Miguel.