Es al entrar en el interior del templo donde vemos que del comienzo románico del templo fue finalizado en estilo gótico.
Las tres naves del templo están divididas por pilares en forma de cruz con columnas adosadas y columnillas acodadas. Estas soportan sus bóvedas con forma de estrella o estrellada y cruciforme en las naves laterales.
Desde el exterior podemos ver tres ábsides uno de cada nave pero al entrar podemos apreciar dos absidiolos mas uno en cada parte del transepto integrados en los muros del templo.
En su presbiterio nos encontramos un bello retablo del siglo XVIII presidido por una imagen del arcángel San Miguel de estilo gótico-flamenco.
En el transepto sur bajo el magnifico ventanal gótico vemos el cuadro donde se representa la misa de San Gregorio y frente a la imagen de la Virgen del Carmen el sepulcro de los Eguía.
Aparte de los retablos antes descritos se pueden otros entre ellos el dedicado al Corazón de Jesús y San Crispín y San Crispiano entre otros.
Pero si algo me hizo fijarme con curiosidad fue la imagen de la patrona de Ecuador la Virgen del Cisne de Loja situada sobre un ropero donde se ven los mantos con que adornar a lo largo del año. Supongo que al igual que yo os estaréis preguntando el porque vemos esta imagen tan lejos de su lugar de culto. Pues bien tiene su explicación fue colocada por emigrantes de origen ecuatoriano con el consentimiento del sacerdote al frente del templo.