Este lugar donde se asienta este convento se conocía como Bretonera por lo que se le puso el nombre de Nuestra Señora de la Bretonera. Fundado por primera vez por mujeres piadosas a mediados del siglo XIV y un siglo mas tarde destruido por las guerras fue abandonado.
El padre Lope de Salinas unos años mas tarde reforma y consolida para la orden de San Francisco con la ayuda del conde de Haro. El noble consigue una bula Papal para que sea para la orden de Santa Clara.
Con la entrada al convento de hijas de personajes de la nobleza en especial las hijas del condestable de Castilla D. Bernardino de Velasco se repara el convento y reconstruye la iglesia. También con el apoyo del obispo de Burgos D. Luis de Acuña, que recupero terrenos perdidos.
El siglo XIX fue un tanto negro para el monasterio con la guerra de independencia lo tuvieron que abandonar y sufrió el espolio de las tropas francesas. Después con la desamortización de Mendizábal perdieron las propiedades y hasta que las recuperaron subsistieron gracias a la dama local llamada Bonifacia del Campo.
Como en todos conventos de las Claras tienen unas elaboraciones de repostería, en especial trufas y chocolates. En el año 2016 recibieron el premio nacional "revolución golosa" del congreso internacional de cocina Madrid Fusión.
La portada a la iglesia es de estilo plateresco con la imagen de la Inmaculada, en ella vemos el escudo de los Velasco que luego veremos en alguna de las claves de las bóvedas.
La iglesia es gótica de cruz latina con bóveda de crucería cuya nave esta dividida en cuatro tramos. El crucero y el presbiterio esta cortado con una verja para uso de las monjas y el resto para el publico en general. Los retablos del siglo XVII son barrocos y en el coro tenemos la imagen de Nuestra Señora de la Bretonera y un órgano del siglo de finales del XVIII.
