La actual iglesia sustituyo a la construida en estilo románico-mudéjar del siglo XII (como las anteriores), esta gótica del siglo XVI financiada por fray Diego de Deza teólogo profesor en Salamanca, preceptor del príncipe Juan hijo de los Reyes Católicos, Arzobispo de Sevilla e inquisidor general que era de Toro.
Se uso como parroquia desde su construcción en el siglo XII hasta 1896 que supuso su deterioro. En 1970 el estado decide restaurar para dar uso de museo.
Estas cuatro iglesias mas la colegiata se pueden ver en conjunto con un bono especial de 5 euros.
Entre las obras que nos encontramos son unos frescos procedentes del convento de Santa Clara que como vemos en no buen estado. Los primeros que vemos corresponden a la vida de Santa Catalina de Alejandría. El segundo grupo a la vida de San Juan Bautista. El ultimo de los grupos a la historia de los evangelios y los santos.
Junto a la entrada del bajo coro tenemos una talla de San Cristóbal y ya en en el bajo coro unas tablas del pintor local Jácome Fernández Cabero datadas en las dos primeras décadas del siglo XVI procedentes de varias iglesias locales.
El retablo de estilo barroco es lo único que nos queda de la iglesia presidido por San Sebastián titular de la iglesia, vemos que esta enmarcado por pinturas de estilo rococó.
Estas dos imágenes proceden de otros templos por ejemplo el San Juan Bautista que procede de la ermita de la Virgen del Canto y la de Santa Catalina de Alejandría de la ermita de la Virgen de la Vega.
En la sacristía nos encontramos una colección de exvotos (agradecimientos) al Cristo de las Batallas patrono de la localidad.
