Algo que destaca en el interior es que las tres naves se sitúan a la misma altura cuando por lo común la central suele estar mas elevada. Es una consecuencia mas de su carácter defensivo.
Sus bóvedas nervadas son de un claro estilo Gótico aunque en las capillas de la girola se nota un estilo mas renacentista.
A la entrada de la sacristía sobre su arco de entrada podemos ver el escudo del Obispo Villalán.
El interior de la entrada del claustro al templo elaborada en un estilo gótico flamígero.
La capilla de San Ildefonso en su día albergo la capilla funeraria de la familia Ballesteros.
La que se conoce como capilla de los mártires esta presidida por el cuadro donde están representados quien era obispo de Almería y Guadix que junto a un grupo de frailes de la Salle fueron asesinados al comienzo de la guerra civil de 1936.
La capilla que albergo el baptisterio hoy se la conoce como de la Virgen del Carmen, pero aun conserva la pila bautismal elaborada en mármol de Macael.
Otra de las capillas es conocida como de la Piedad en cuyo retablo están albergadas pinturas de Alonso Cano que pertenecían al antiguo retablo.
Situada junto a la entrada de la sacristía se encuentra la capilla dedicada al obispo fundador de la Diócesis San Indalecio.
Su retablo primitivo fue destruido en la guerra civil por lo que es de moderna factura y también alberga la tumba de obispos de la segunda mitad del siglo XX.
